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12000工资扣490元个人所得税。应纳税额=（工资薪金所得-“五险一金”-扣除数）×适用税率。个税起征点是5000，使用超额累进税率的计算方法如下：缴税=全月应纳税所得额*税率-速算扣除数实发工资=应发工资-四金-缴税。全月应纳税所得额=（应发工资-四金）-5000。
(资料图片仅供参考)
《个人所得税法》第六条应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
二、找法网提醒您，缴纳个人所得税的范围是如下：
1.工资、薪金所得；
2.个体工商户的生产、经营所得；
3.对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
4.稿酬所得；
5.特许权使用费所得；
6.利息、股息、红利所得；
7.财产租赁所得；
8.财产转让所得。
三、个人所得税补缴的方式如下：
1.由单位补缴：
(1)个人补缴个税应该与单位进行协商，由单位补交个人工资所得利益的个人所得税，并缴纳滞纳金。个人的收入利润没有按期缴纳个人所得税，应该由个人负责缴纳税费本金以及滞纳金。
(2)个人补缴个税与单位进行沟通以后，由办理人员当月补交并扣款。单位不交纳滞纳金，日后审查出来，还要缴纳罚款。
2.由个人补缴：
(1)准备好补交个人所得税所需要的基本资料。
(2)做好补交个人所得税的申报报表。
(3)将申报报表提交到税务局，由税务局出具通用缴款书。
(4)最后到银行去进行缴税，缴完税3-5天即可出具完税证明。
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